不算，學術查重對參考文獻的查重率是不會包含在所查重復率中的，學術論文檢測系統擁有高智能的技術，會將論文作者所標注的參考文獻直接忽略重復的部分。但是，對于論文作者來說，就必須要有較高的文采素質，論文作者可以直接將自己所引用的參考文獻用相應的。
標注標記好，不然在檢測重復率的過程中依然會呈現飄紅字體，也就增加了論文的重復率，或者是論文作者根據是在原有的文獻中，仔細思考文獻作者的意圖，將文獻內容充分用自己的話術表現出來。這就是兩個較為直接和減少學術論文檢測系統在檢測重復率時降低的最為直接的方法。
論文注意事項：
1、論文字數不少于2萬。
2、去除目錄、參考文獻、致謝等部分，其余部分（引言、正文、綜述等）均按正確格式排好，組成一篇Word文檔上傳參加檢測。
3、論文中圖片不宜太大，建議每張圖片壓縮至80K以內。
4、與以本人為第一作者發表的文章重復的部分不計入重復率。
5、全文及每部分重復率都不能超過30%。
6、只有一次檢測機會。重復率超過標準者，不能參加資格審查，須按要求重新修改論文，延期申請答辯。
一般情況下，提交查重時，參考文獻這部分內容是附帶一起提交的，但是大部分查重系統特別是學術查重系統是可以有效識別出參考文獻的，識別出來的參考文獻里面的內容是不會被標紅的。正常識別出參考文獻的情況下，參考文獻是不會有重復的。如果由于格式錯誤等原因導致參考文獻當做正文被標紅了，那此時就有相似比或重復率了。
被認定為抄襲的本科畢業設計(論文)，包括與他人已有論文、著作重復總字數比例在30%至50%(含50%)之間的，需經本人修改。修改后經過再次檢測合格后，方可參加學院答辯。再次檢測后仍不合格的，按結業處理。須在3個月后提交改寫完成的畢業設計(論文)，檢測合格后再參加答辯。這個具體的還是要根據自己的學校來，可以在手機上面的迅捷論文查重上面查重一下，這樣的數據比較準確。
何必有論文查重時，包括參考文獻相似，比你這個問題說的很籠統，應該具體一點，說清楚之后我才能給你解答
不包括的，論文查重只包括正文部分的文本內容
做標記的地方應該就不算了吧。
