知網(wǎng)參考文獻一般不查重，而且論文的參考文獻是一般是不需要查重的，而且知網(wǎng)檢測系統(tǒng)時，就算把全部的論文上傳上去，知網(wǎng)檢測查重系統(tǒng)也是可以識別正確的目錄和參考文獻并剔除，不參與正文檢測。 但是也千萬不要圖省錢，把參考文獻哪些不參考查重的地方省略了。
論文的撰寫應本著嚴謹、求實的科學態(tài)度，凡有引用他人成果之處，均應按論文中所出現(xiàn)的先后次序列于參考文獻中，并且只列出正文中以標注形式引用或參考的有關著作和論文，參考文獻應按正文中出現(xiàn)的順序列出直接引用的主要參考文獻。 一般而言，無論是高校還是雜志社在對論文進行知網(wǎng)查重過程中，主要考慮的是論文的去除引用文獻的重復率部分，這也可以在知網(wǎng)檢測報告當中體現(xiàn)出來，知網(wǎng)報告當中有一個全文的重復率部分，還有一個部分是去除引用文獻的重復率部分，因此，一般而言，即使論文作者對其他論文進行引用，只要引用格式正確，一般都會被知網(wǎng)論文查重軟件自動識別為引用部分，以綠色字體標注，在去除引用文獻部分的重復率會有所體現(xiàn)。
其次，目錄在格式正確前提下，知網(wǎng)查重系統(tǒng)對目錄內(nèi)容是不計入查重字數(shù)的，也不計算重復率。 目錄正規(guī)寫法應該是：1.有明顯的“目錄”兩個字，且單獨成為一行，讓知網(wǎng)查重系統(tǒng)識別到這是“目錄”；2.最好是文字編輯工具（Word）自動生成的目錄，這樣系統(tǒng)最喜歡，更容易識別。
但是像我所在的浙江大學，學校為學生購買了知網(wǎng)查重服務，并集成到研究生管理系統(tǒng)了，而且， 用于查重的論文版本也是最終送審的版本 。 這意味著，刪除參考文獻是不可取的，因為送審版本是需要包括參考文獻的。
