在CNKI檢測系統中，將上傳的比對論文與數據庫中已有論文的重復情況進行對比，并根據重復率把重復程度劃分為綠、黃、橙、紅4個階段，其中，綠色表示無重復，引用重復率低于40%的用黃色表示，標示為輕度重復，引用率在40%-50%的用橙色表示，標示為中度重復，重復率50%以上的為重度重復。 各期刊編輯部往往根據本刊實際情況設定收稿重復率閾值。 有的投稿與作者本人已發論文存在多處“交集”，或為多篇已發論文的“并集”。 在對論文進行初審時常常會發現，作者所投稿件重復率過高，但如果去除本人文獻重復率又變得很低，大部分的重復文獻都是作者本人發表出來的成果。
