為什么學術查重報告中有時候會將參考文獻部分標紅呢？有以下2種緣故，有可能論文編者選用了不合規的學術查重軟件對論文查重，而這種不合規的學術查重軟件卻不合規的學術查重，所以不能甄別參考文獻，從而使得參考文獻標紅；二是論文的參考文獻格式不準確，使得學術查重軟件不能準確甄別該部分的參考文獻，進而將該參考文獻部分標紅，若是該部分參考文獻格式準確就會被學術查重甄別，進而不會攬入查重范疇內。
綜上，學術查重并不包含參考文獻，學術查重一般而言只針對論文的摘要部分、英文摘要部分、正文部分及附錄部分來查重，而參考文獻并不在學術查重范疇左右。所以，論文編者不必擔憂因要羅列很多參考文獻在論文當中。但，唯有合規的學術才可以甄別參考文獻，除此之外其還有的一個前置性情況是參考文獻格式準確，這正是就表明論文編者絕對到學術不端網的“學術查重入口”等合規的學術查重網站來查重，且要依據要求設計參考文獻，保障學術有機會甄別。
