ELISA廣泛應用于食品中農藥殘留如有機磷農藥、有機氯農藥、除草劑、氨基甲酸酯類農藥、獸藥殘留 (如氯霉素)、真菌毒素等的分析檢測上。 作為一種快速篩選方法，EKSIA法在分析復雜基體樣品時，因為基體干擾和交聯反應等問題，往往存在假陽性的問題。
用于研究農藥殘留檢測的生物傳感器所使用的生物物質主要為酶、全細胞、細胞器、受體或抗體等，相應有酶傳感器、全細胞傳感器和免疫傳感器等，尤其是免疫傳感器的應用可大大提高檢測靈敏度并大大縮短檢測時間。 而生物傳感器與光纖技術結合的產物——光導纖維傳感器，則在快速檢測和在線檢測中有著廣闊的應用前景。
農藥殘留 (Pesticide residues)， 是農藥使用后一個時期內沒有被分解而殘留于生物體、收獲物、土壤、水體、大氣中的微量農藥原體、有毒代謝物、 降解物和雜質的總稱。 施用于作物上的農藥，其中一部分附著于作物上，一部分散落在土壤、大氣和水等環境中，環境殘存的農藥中的一部分又會被植物吸收。
