首先，對于大多數碩論而言，基本上都是要求學術查重，而一篇論文的查重率實質上是由三部分組成的： 論文查重率=總文字復制比=自引率+他引率+復制率（參見下圖） ①自引率：引用自己曾經發表的文章的比例 ； ②他引率：引用他人曾經發表的文章的比例 ； ③復制率：理論上無論是自引率還是他引率都是復制率的一種，但是有些復制黏貼的內容可以通過查重系統的對比庫中找到對應的參考文獻且論文此處引用的標注正確便會出現所謂的【他引率、自引率】；
通常論文查重也是全文內容都需要查重，但查重重點一般為論文正文內容，部分高校會明確規定只查重論文正文，對于這種情況，類似于學客行論文官網論文查重時僅需上傳論文正文即可。 根據論文的章節分章之后，在各章節分別檢測查重，得出章節查重率，以及全文查重率。
碩士畢業論文引用自己已發表的論文查重會算重復嗎？ 在回答這個問題之前，我們首先來看一下學術檢測報告是由幾個部分構成。 學術檢測報告主要是由全文重復率、去除引用部分重復率以及去除本人發表文獻重復率。 因而，學術檢測自己的文章不會算在重復率里。 但是，這有一個前提條件，即學生在提交自己的文章進行檢測時，已經發表該文章并且該文章被收錄在學術，其著作權歸該學生所有。 同樣的，職稱論文也是同樣的規定，其唯一的區別主要體現在，碩士論文查重系統是學術VIP5.1,而職稱論文查重系統則是AMLC或者SMLC這兩種，但是，凡是作者已經將論文發表并被學術收錄且著作權屬于作者的論文，通常都會在去除本人已發表重復率的計算部分予以體現。
論文的撰寫應本著嚴謹、求實的科學態度，凡有引用他人成果之處，均應按論文中所出現的先后次序列于參考文獻中，并且只列出正文中以標注形式引用或參考的有關著作和論文，參考文獻應按正文中出現的順序列出直接引用的主要參考文獻。 一般而言，無論是高校還是雜志社在對論文進行學術查重過程中，主要考慮的是論文的去除引用文獻的重復率部分，這也可以在學術檢測報告當中體現出來，學術報告當中有一個全文的重復率部分，還有一個部分是去除引用文獻的重復率部分，因此，一般而言，即使論文作者對其他論文進行引用，只要引用格式正確，一般都會被學術論文查重軟件自動識別為引用部分，以綠色字體標注，在去除引用文獻部分的重復率會有所體現。
