GFP熒光極其穩定，在激發光照射下，GFP抗光漂白（Photobleaching）能力比熒光素強，特別是在450～490nm藍光波長下穩定。 類似的，GFP融合蛋白的熒光靈敏度遠比熒光素標記的熒光抗體高，抗光漂白能力強，因此適用于定量測定與分析。
綠色熒光蛋白GFP的常規觀察方法有三種： 1.熒光顯微鏡 熒光顯微鏡 (Fluorescence microscope) ： 熒光顯微鏡是以紫外線為光源， 用以照射被檢物體，使之發出熒光，然后在顯微鏡下觀察物體的形狀及其所在位置。
GFP吸收的光譜峰值為395nm（紫外），并有一個峰值為470nm的副吸收峰（藍光）；發射光譜峰值為509nm（綠光），并帶有峰值為540nm的側峰（Shouder）。 雖然450～490nm只是GFP的副吸收峰，但由于該激發光對細胞的傷害小，因此通常多使用該波段光源（多為488nm）
GFP被廣泛應用于生物學領域的研究，科學家們利用GFP實現多種功能，包括：標記基因以闡明其表達或定位特征，充當生物傳感器或細胞標記，研究蛋白質之間的相互作用，可視化啟動子的活動，等等。
