看你用什么系統來查重了，如果用知網查重cnkivip.net來檢測的話建議不要刪除參考文獻，不過只要格式對的話知網查重也不會去查重參考文獻的。
把查重報告下載下來放到論文提交文件夾里一起提交就行了。
查重是和論文放在一起上交的，不能一味的用手機來進行查重。因為面對市場上多種查重軟件，很多畢業生為了防止學術不端需要打擊，就會選擇使用淘寶上的“知網查重”等商家購買軟件來進行自動查重。
那么，如果畢業生提供的查重賬號在外面進行查重，都沒有得到驗證的話，只能先通過淘寶網的第三方賣家使用知網查重，之后再通過直接去中國知網的官方網站進行購買查重服務。這樣就保證著可以安全又準確。
通過知網進行論文查重，用不同的格式進行檢測，就會得到不同的結果。因此在進行論文查重時，特別要注意論文格式，根據學校的要求進行排版，這樣知網查重系統就會把論文按目錄分類，層次更清楚，結果更客觀。
事實上，在 word格式的論文中，圖片等內容一般是不會參與檢測的，所以如果你上傳的word文檔包含這些數據，就無法識別它們。而在 pdf格式中，前面提到的數據圖表、編碼等內容都是自動轉換成文字的，然后由系統軟件來識別并檢查。
若按 word文件格式排好畢業論文目錄，知網論文檢測系統軟件按文件目錄分列，每一章都要進行論文查重，文件目錄中所顯示的信息為深灰色，無法參與查重。當提交 pdf時，需要把 pdf格式的論文轉換成已經不正確的目錄格式，因此要進行目錄對比檢測。
在word文檔中，引用內容如果格式正確，查重系統就會將其識別為引用，檢測報告中會有一個引用率，只要引用率不超過學校的要求，學校也是認可論文的。 pdf格式的引用會被轉換成文本格式，格式已經不正確，所以引用的內容會被當做抄襲，所以 pdf檢測值偏高。
另一個需要注意的是，在知網查重系統中，論文中的尾注和腳注通常不會進行識別，并且系統也不能檢測到這些內容，而在 pdf文檔中，論文查重系統會將格式進行轉換，因此格式會有不同，原理與上面提到的一樣。所以 pdf檢測結果稍微高一點是正常的。
建議使用word版提交查重，基本不會有什么問題，但pdf提交查重可能會出現亂碼情況，這樣可能會影響最終重復率的。
